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Pathologie Numérique



Analyse TMA

SpotBrowser®

Réf. : 01-SBR

Spot Browser® fonctionne sur microscope et  est  interfacé avec les scanner Hamamatsu Nanozoomer® et Aperio ScanScope®.

L’identification des spots est certainement l’étape la plus consommatrice en temps opérateur et l’étape la plus difficile pour la préparation des spots de tissue Arrays en vue de leur analyse. L’identification inclut la détection des spots sur le scan de la lame puis l’association de chacun de ces spots avec leur position respective dans le plan initial de votre tissue Arrays afin de créer le lien de traçabilité essentiel entre le spot et les données patient.

Spot Browser®  inclut un outil de de-Arraying qui permet la détection et l’association des données. Il vous suffit d’importer votre fichier de la carte de votre tissue Array et Spot Browser® s’occupera du reste sans efforts. Des interactions et corrections sont toujours possibles dans les cas où le tissue Array est véritablement en mauvaise condition sur la lame (fortes déformations). 

 

Annotation sur les spots de tissue array

Dans de nombreux cas, les spots sont “scores” visuellement parce que l’oeil expert du pathologiste ne peut pas aussi facilement être remplacé par un logiciel aussi puissant soit-il.

Pour répondre à ce besoin, Spot Browser®  permet à l’utilisateur de créer ses propres champs de données sous divers formats (libre, numérique, liste déroulante…) pour saisir ses annotations. L’utilisateur peut ainsi très rapidement naviguer d’un spot à un autre et saisir les annotations.

Les données saisies et les données importées peuvent être exportées sous format Excel pour traitement statistique

 

Analyse automatique des spots de tissue array

Pour l’analyse d’un grand nombre de spots ou pour des analyses quantitatives, Spot Browser®  propose un outil très complet pour l’analyse d’image automatique.

Les caractéristiques exploitées sont couleur HSV et morphométrie. Chacune de ces caractéristiques peut être utilisées seule ou en combinaison suivant les objets à détecter.

L’utilisateur peut très aisément créer ses propres protocoles de détection avec un ou plusieurs types d’objets à détecter et avec ou non imbrication pour permettre notamment de comptés des noyaux marqués dans une zone tumorale. La détection de marquage cytoplasmique et membranaire est également possible.

Les protocoles de détection et d’analyse peuvent être sauvegardés dans des librairies internes pour pouvoir être réutilisés ultérieurement.

L’utilisateur peut analyser les spots un à un ou en batch automatique et les analyses peuvent combiner des interventions humaines (traçage de zone par exemple) avec des modes complètement automatiques.

Les résultats en données brutes et interprétées peuvent être exportés vers Excel.

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