RiboAmp

RiboAmp^® RNA Amplification Kit

For laboratory use.

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Révèle des variations d’expression entre types cellulaires

Une analyse précise de l’expression de gène nécessite de travailler sur un type spécifique de cellules sans interférence des cellules environnantes. Travailler à partir d’une population pure de cellules signifie souvent de travailler à partir d’un très petit échantillon. Des technologies particulières sont nécessaires pour travailler sur ces échantillons précieux. La combinaison entre la technologie LCM, l’amplification linéaire des ARNs, et l’analyse en microarray révèle des variations d’expression entre les types cellulaires.

Panel A: Images showing normal ductal epithelium and invasive ductal carcinoma (IDC) from a human breast biopsy before and after Laser Capture Microdissection. Panel B: A GeneChip^® Array (Affymetrix) image following hybridization of biotin-labeled aRNA generated from the normal and IDC breast samples. Panel C: Two-dimensional cluster analysis reveals reproducible patterns of up-regulation and repression of gene expression in cancer cells compared to normal, and more importantly, reveals stage-specific molecular signatures.

Total cellular RNA was isolated from two replicate samples of 20 mouse oocytes and 30 two-cell embryos using the PicoPure RNA Isolation Kit, amplified two rounds using the RiboAmp RNA Amplification Kit, labeled and hybridized onto two separate 15,000-element cDNA microarrays to identify genes that are important in fertilization and pre-implantation development. Panel A: Mouse oocyte and embryo samples. Panel B: Micorarray hybridization image. Panel C: Scatter plot showing more than 450 genes differentially expressed between oocytes and embryos. Replicate hybridizations show very high correlation (R=0.89), suggesting excellent technical reproducibility of results obtained using amplified samples. Samples coutesy of A.J. Wyrobek, F.M. Marchetti and M. Coleman, Biology and Biotechnology Research Program, Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore, CA, USA

Panel A: Neurons from two distinct subtypes of a mouse brain, hippocampus CA1/CA2 and frontal cortex, were Laser Capture Microdissected using the PixCell IIe LCM System in replicate. The extracted RNA was purified with PicoPure RNA Isolation Kit, amplified using the RiboAmp Kit, converted to labeled CellexTM Mouse Neuron cDNA, and hybridized with two 23,040-element Mouse cDNA Microarrays (Agilent Technologies). Panel B: Microarray hybridizations of replicate samples of mouse hippocampus CA1/CA2 show very good correlation in Log2 relative fluorescent intensities (R=0.997), demonstrating high reproducibility of the entire process. Panel C: Comparison between mouse hippocampus CA1/CA2 and cortex shows differential expression of genes between the two neuron subtypes.

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Produire des microgrammes à partir de 250 cellules

Le kit d’amplification RiboAmp RNA permet au chercheur une analyse moléculaire à partir d’échantillons d’ARN, jusque là, trop petits pour une analyse en microarray. Le kit RiboAmp permet une amplification linéaire à partir d’1 ng d’ARN total. Utilisant une technologie propriétaire (brevet en cours) pour une amplification linéaire fidèle, les ARN m sont amplifiés jusqu’à 1000 fois en un tour et 1 000 000 de fois en deux tours. Le kit RiboAmp produit des ARN anti-sens (aRNA), prêt à êtres marqués et hybrider en microarray ou pour une technique de QRT-PCR. Le kit RiboAmp peut être utilisé pour obtenir des résultats avec des plateformes de puces à cDNA et oligonucléotides.

For laboratory use.

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Maintien le niveau d’expression de départ

Le kit RiboAmp RNA offre une très haute fidélité dans l’amplification des ARN, même à partir d’échantillons microscopiques. La comparaison des résultats en puces obtenus à partir d’ARN total et d’aARN amplifiés avec RiboAmp, révèle une très bonne concordance entre les différents gènes exprimés. Ceci démontre la capacité du kit RiboAmp à fournir une amplification fidèle nécessaire pour des données fiables à partir de très petits échantillons.

High correlation in differential expression between total cellular RNA and RiboAmp amplified aRNA pairs. Total cellular RNA and aRNA samples amplified using the RiboAmp Kit were generated from the same pool of mouse testis and brain samples, labeled and hybridized onto 9,000-element cDNA microarrays. Differential gene expression ratios between brain and testis were then calculated for the samples. The high correlation (r = 0.91) in differential gene expression between the amplified and unamplified samples indicates the high fidelity of the amplification process.

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Une amplification d’ARN reproductible pour les Microarrays

Le kit RiboAmp permet une amplification de qualité constante en produisant des aRNA prêt à être marqués et hybridés pour hybridation sur puces avec une variabilité d’expression minimum. L’analyse en microarray, d’amplifications indépendantes d’une même source d’ARN montre une excellente corrélation.

Microarray correlation of two independent amplifications. Total cellular RNA from a mouse testis cell line (TM3) was amplified using the RiboAmp Kit. Three independent, one- round amplifications were performed from a single pool of RNA. Amplified aRNA was labeled with Cy5-dUTP and each labeled aRNA probe hybridized to a 9000 element mouse cDNA array (Arrays 1 and 2). Hybridized arrays were scanned and fluorescent intensities analyzed. One region of the two arrays is shown to demonstrate that similar gene expression patterns can be visualized. A scatter plot of relative fluorescent intensity (RFU) was generated to show correlation of independent amplification.

Amplification of aRNA from independent LCM samples. RNA isolated from six independent LCM captures from mouse kidney tissue and human breast cell line SKBR3 was amplified for two rounds with the RiboAmp Kit, and run on an agarose gel. Typical aRNA lengths after two rounds of amplification range in size from below 250 to over 1,300 bases. M: Marker. Lane 1: positive amplification control (RiboAmp Kit Control RNA). Lane 2, negative control. Lane 3: mouse kidney duct cells #1. Lane 4: mouse kidney duct cells #2. Lane 5: mouse kidney glomerulus. Lane 6: whole kidney. Lane 7: SKBR3 cell line (250 captured cells). Lane 8: SKBR3 cell line (500 captured cells).

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Des échantillons traités très vites

Le kit RiboAmp comprend tous les réactifs et consommable pour la synthèse, transcription, et la purification des acides nucléiques. Les étapes d’aspiration sous vide sont totalement elliminées, grâce à l’utilisation des nouvelles colonnes de purification Arcturus , MiraCol™.

Il n’y a que quelques étapes de pipetage grâce à l’échantillon qui est élué directement dans le tube de réaction et aux réactifs qui sont préparés et pré-mélangés. En une journée de travail de 8 heures, le kit RiboAmp permet l’amplification, le marquage, et l’hybridation sur puces. Avec une nuit complémentaire de transcription in vitro, un deuxième tour d’amplification peut être lancé le lendemain matin.

RT-PCR detection of low, medium, and high- abundance genes in amplified aRNA. Total cellular RNA was isolated from a mouse testis cell line, TM3, and amplified once using the RiboAmp Kit. RT-PCR was then performed on three samples of the aRNA pool using three independent primer sets (Stratagene): Mouse Elongation Factor 1a (MEF-1a, high- abundance gene, ~3000 copies/cell, 187 bp fragment), Mouse Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (M-GAPDH, medium- abundance gene, 300-3000 copies/cell, 357 bp fragment), and Mouse Protein Phosphatase 1 (MPP1, low-abundance gene, <300 copies/cell, 174 bp fragment). M: Marker. Lane 1: MEF-1a. Lane 2: M-GAPDH. Lane 3: MPP1.

For laboratory use.

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Détecter les ARNs de faible abondance

Le kit RiboAmp permet une amplification des ARNm de toutes les classes d’abondances. En utilisant la RT-PCR, les gènes de faibles, moyennes, et hautes classes d’abondances sont détectés après amplification des ARNs. L’amplification de l’ARNm dans toutes les classes d’abondances assure que la distribution des niveaux d’expression des gènes sera identifiable.

For laboratory use.

Kit d’amplification RiboAmp^® RNA

Un Système intégré pour la Microgénomique

Le système intégré d’Arcturus pour la Microgénomique offre une solution globale pour préparer de très petites quantités d’ARN pour l’analyse de l’expression de gènes. Le système comprend la technologie LCM avec le PixCell IIe ou l’Autopix afin de récupérer une population pure de cellules, le kit PicoPure RNA pour isoler et purifier l’ARN, et le kit RiboAmp pour l’amplification linéaire des ARNs.

For laboratory use.